Iván Jaksic es un formador de generaciones de estudiantes en historia chilena y latinoamericana. Descendiente de croatas e hijo de funcionarios de ENAP, donde ser padre llegó a ser secretario general, inició sus estudios básicos en el Liceo Industrial Armando Quezada Acharán de Punta Arenas. En 1965 su familia se trasladó a Santiago y terminó sus estudios secundarios en la Escuela Superior Industrial de Puente Alto, con especialidad en Mecánica Industrial. En 1971 entró a estudiar Filosofía en la Universidad de Chile donde. En 1976 se fue a Estados Unidos donde cursó un magíster y un doctorado en historia en la Universidad Estatal de Nueva York (Buffalo).

Su trabajo lo ha desarrollado mediante el uso de diferentes disciplinas de las Ciencias Sociales. Sus investigaciones entrelazan filosofía y literatura, para construir un relato histórico sobre temas nacionales e hispanoamericanos, particularmente de los siglos XIX y XX.  Destaca el trabajo que realizó sobre Andrés Bello a quien muestra más allá de su dimensión de intelectual y político en Andrés Bello: La pasión por el orden (2001).

Durante su trayectoria académica ejerció cargos docentes y de investigación en: Berkeley, Wisconsin, Milwaukee y Notre Dame en Estados Unidos. Desde 2016 es miembro de la Academia Chilena de la Lengua y, en la actualidad, es el Presidente del Consejo Académico del Centro de Estudios de Historia Política de la Universidad Adolfo Ibáñez. En paralelo, dirige en Chile el programa de la Universidad de Stanford sobre estudios latinoamericanos y culturas ibéricas.

Entre sus publicaciones destacan: Ven conmigo a la España lejana (2007) y Rebeldes académicos (2013). En 2020 recibió el Premio Nacional de Historia. Dos años antes, su único hermano, Fabián, obtuvo el de Ciencias Naturales.