La fascinación de Lautaro Núñez por los tesoros del desierto viene casi desde la cuna. “Nació en la pampa en 1938, creció en el barrio El Morro de Iquique, pero en lugar de ser un niño que miraba hacia adelante, él solía tropezarse por ir observando la tierra”, explica una entrevista realizada por La Tercera en abril de 2019. Estudió en la escuela pública Domingo Santa María y finalizó sus Humanidades en el Liceo de Hombres de Iquique. Luego se trasladó a Santiago, donde estudió Historia y Geografía en la Universidad de Chile. En 1964 se tituló como Profesor de Historia, Geografía y Educación Cívica.    

Entre 1968 y 1969 hizo un posgrado Universidad Carolina de Praga, República Checa y en 1985 se doctoró en Antropología Cultural por la Universidad de Tokio, Japón. 

Su campo de estudio ha sido, fundamentalmente, la zona del Norte Grande de Chile, donde se enfocó en buscar y rescatar el patrimonio arqueológico y cultural de los pueblos precolombinos que habitaron ese territorio. A lo largo de su carrera realizó cerca de 300 publicaciones entre artículos, libros y capítulos sobre arqueología y antropología andina,  el ámbito nacional e internacional. Núñez:  “concretó, desde entonces, numerosas investigaciones sobre arqueología, antropología, historiografía de Chile y América, además de descubrir nuevos senderos del Camino de Inca en Chile y el significado y orígenes de los petroglifos de la Primera Región”, explica la entrevista. En ruta: Arqueología, historia y etnografía del tráfico sur andino (2011), La Tirana (2015), Aprendamos arqueología de nuestra tierra (2016), son algunas de sus publicaciones. En tanto, su trabajo docente lo ha desarrollado en el Instituto de Investigaciones Arqueológicas y Museo de la Universidad Católica del Norte.

Es miembro de la Academia de Ciencias Sociales del Instituto de Chile y de otras 14 sociedades científicas nacionales y extranjeras. En 2009 fue galardonado con el premio Miembro Honorario del Colegio de Arquitectos de Chile, en reconocimiento a su labor a favor de esa disciplina. En 2002 recibió el Premio Nacional de Historia.