Probablemente para muchos es el historiador chileno más trascendente del siglo XX  por la cantidad y difusión de sus obras. Hijo menor de Juan Villalobos, ingeniero de la Empresa de los Ferrocarriles del Estado y Margarita Rivera. Tenía meses cuando su familia se trasladó a  La Serena, debido al trabajo de su padre y en 1943 a Santiago, lugar donde se adentra en el mundo de la historia, mediante la lectura. Ingresó al Instituto Nacional, pero su poca aptitud para las asignaturas que no fueran humanistas, lo llevaron a reprobar el cuarto año de humanidades, por lo que terminó sus estudios secundarios en el Colegio San Pedro Nolasco. En 1950 ingresó, contra la voluntad de sus padres, al Instituto Pedagógico de la Universidad de Chile a estudiar Historia, ahí conoció a los grandes historiadores de su época como Ricardo Donoso o EugenioPereira, sin embargo, fue Guillermo Feliú Cruz quien tuvo una influencia decisiva en su labor como historiador. En 1957 obtuvo el título de Profesor de Estado en Historia, Geografía y Educación Cívica, previamente, cuando aún  era estudiante, publicó su primer libro: Medina. Su vida y sus obras (1952) y dos años más tarde una obra sobre Diego de Almagro. Su memoria de título, presentada en 1956, se transformaría en uno de sus textos más importantes por su nivel investigativo: Tradición y reforma en 1810, publicado en 1961.

 

Tras su egreso, siguió ligado a su alma mater en 1959  es nombrado profesor de la cátedra de Historia de América en la Escuela de Periodismo, aunque desde 1951 se desempeñaba como ayudante en Historia de Chile, asignatura impartida por Guillermo Feliú y en 1968 la comenzó a dictar en su reemplazo manteniéndose en la Universidad de Chile hasta 2013.

 

En 1970 fue nombrado profesor titular en la Pontificia Universidad Católica de Chile, donde en 2003 fue distinguido como profesor emérito. Se ha desempeñado también como académico titular en el Instituto Profesional Blas Cañas, donde fue jefe de carrera, en la Universidad Andrés Bello, la Universidad Bernardo O’Higgins y actualmente en la Universidad San Sebastián.

 

En cuanto a la docencia e investigación a nivel internacional, el profesor Villalobos fue parte del Instituto Panamericano de Historia y Geografía, organismo dependiente de la OEA y profesor invitado en la Universidad de California en Berkeley en 1975. En 1971 viajó por un año a la Universidad de Cambridge donde le fue otorgado el título de Master of Arts. En Cambridge escribió otro de sus textos de gran reconocimiento: Para una meditación de la conquista, ensayo basado en estudios previos respecto al tema. Ejerció importantes cargos públicos, fue Director de Bibliotecas, Archivos y Museos (1990) y se desempeñó en la dirección de la Biblioteca Nacional hasta 1992, cargos donde reimpulsó la revista Mapocho y creó el Centro de Investigaciones Diego Barros Arana que es hasta hoy un importante sello editorial y plataforma de nuevos historiadores.

 

En 1992 recibió el Premio Nacional de Historia. En términos generales, la visión histórica del profesor Villalobos es comparable a la de los grandes historiadores positivistas del siglo XIX como Diego Barros Arana de quien es declarado admirador. Pero siguió la visión de Fernand Braudel de la Escuela de los Annales en lo referente a su concepto respecto a que la historia debe preocuparse de los grandes procesos.

 

Además de la infinidad de artículos académicos y de prensa, sobresalen los siguientes libros: Índice de la Colección de Historiadores y de Documentos Relativos a la Independencia de Chile (1956); Génesis histórica del Código civil de Chile (1811-1855) (1956); Darwin en Chile (1960); Comercio y contrabando en el Río de la Plata y Chile. 1700-1811 (1965); La disputa del Beagle (1968); El comercio y la crisis colonial. Un mito de la Independencia (1968); Historia de Chile (1974), en coautoría con Osvaldo Silva, Fernando Silva y Patricio Estellé; la economía de un desierto. Tarapacá durante la Colonia (1979); Historia del pueblo chileno (1980-1983); Los comienzos de la historiografía de la economía de Chile 1862-1940 (1981); Origen y ascenso de la burguesía chilena (1987); Portales una falsificación histórica (1989); Los pehuenches en la vida fronteriza (1989); Vida fronteriza en la Araucanía, el mito de la Guerra de Arauco (1995); Chile y Perú: la historia que nos une y nos separa, 1535-1883 (2002); Historia de los chilenos (2006); La historia por la historia: Crítica de la historiografía actual (2007); La historia y los días (2012); Bolivia, un vecino molesto (2017), entre muchos otros títulos.