Pasó su infancia en Punitaqui y luego en Antofagasta, donde terminó sus estudios secundarios en el Liceo de Hombres de esa ciudad. Luego, se trasladó a Valparaíso,  titulándose como Profesor de Historia, Geografía y Educación Cívica en la sede de la Universidad de Chile de esa ciudad, actualmente  Universidad de Valparaíso. Luego, obtuvo un doctorado en Historia en la Universidad de Southampton, Inglaterra, a mediados de la década de los 70.

Su trayectoria académica la ha desarrollado en las universidades de Santiago y de Chile y, principalmente, en regiones impartiendo clases en  pregrado como de postgrado. Sus estudios e investigaciones apuntan a temáticas regionales como la historia del período colonial del Norte Chico, además, se especializó en aspectos históricos sociales, económicos y culturales de la región de La Araucanía y el pueblo mapuche. 

El académico  pertenece a sociedades científicas de Chile, Argentina, Inglaterra y Estados Unidos, todas vinculadas a la historia Latinoamericana e historia económica. Ha ejercido cargos a nivel nacional como miembro del Consejo Nacional del Libro y la Lectura (1990-1996), del grupo de historia de  la Comisión Verdad y Nuevo Trato con los Pueblos Indígenas (2002-2005), del grupo de trabajo de historia del Consejo Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (Conicyt) (2000-2004) y consultor de la Cámara de Diputados en materias indígenas (2004).

La Doctora Historia Social y Políticas Contemporáneas. Universidad Pablo de Olavide, Sevilla España, Karen Alfaro, hoy académica de la Universidad de Santiago destacó el trabajo del profesor Pinto en el portal de esa casa de estudios superiores, agregando que “al construir historiografía desde las regiones, entendiendo la problemática de cada territorio. Lo que se ve reflejado desde que llega a La Araucanía en 1983, es a partir de ese momento que el historiador toma conciencia del conflicto Mapuche”.

En 2002 fue distinguido por la Asociación Chileno-Argentina de Estudios Históricos e Integración Cultural. En 2010 recibió la Medalla a la Trayectoria por la Universidad de La Frontera.